在正常情況（未出現污染）下，培養箱的水盤應使用75%酒精擦拭消毒，然后加入無菌水并添加適量的抑菌劑。當培養箱出現污染時，可以使用新潔爾滅消毒液或3%的過氧化氫消毒液對水盤進行消毒，消毒時間為30 min。此外，也可以使用紫外燈進行消毒處理，消毒完成后用無菌水擦拭干凈，添加無菌水和抑菌劑后正常使用。

培養箱內的HEPA過濾器一般不需要單獨清潔，當使用出現異常時可以進行更換（需要專業維修人員更換）。對于超凈工作臺和生物安全柜中的過濾器，只需根據實際使用情況，定期（半年至一年）更換初效濾網即可。

使用消毒液消毒，時間30 min左右即可；若使用的消毒液存在腐蝕性，應在消毒完成后使用無菌水將消毒液擦拭干凈。使用臭氧或紫外燈的消毒時間一般也是30 min。

如果需要檢測泄漏至空氣中的CO₂濃度，防止其濃度過高可能引發的窒息風險，可以使用專門的CO₂濃度檢測儀，或者使用氧氣濃度監測儀（適用于多種氣體環境，如含CO₂或氮氣的）。

如果是要檢測管道泄漏的位置，初步的檢查方法可以是使用肥皂水在管道的接頭位置進行涂抹，觀察是否出現氣泡；如需要準確檢測，則需專業人員使用專業檢測工具進行檢測。

實驗服在清洗完成之后，可以放在專用的滅菌袋中，再放進高壓蒸汽滅菌鍋進行滅菌處理。滅菌完成后，將實驗服連同滅菌袋一起放入烘箱中烘干備用。

臭氧消毒適用于配套有新風系統的實驗室。臭氧一般需要通過新風系統進入實驗室空間，并在空間內達到一定濃度才能起到較好的消毒效果。消毒完成之后，也需要通過新風系統將殘留的臭氧排出實驗室，否則會對實驗室環境產生影響。

細胞狀態不好的因素有很多，首要且關鍵的一步是排除污染因素。如果通過各種檢測手段（細菌、真菌通過瓊脂板或空培檢測，支原體使用試劑盒檢測）都無法檢測到污染，則可能不是因污染導致的。

如果仍懷疑存在污染，可以嘗試向培養物中添加適當濃度的廣譜抗生素。如果添加抗生素后細胞狀態明顯好轉，說明確實存在某種難以檢測的微生物影響細胞狀態；如果添加抗生素后細胞狀態未出現好轉甚至更差，則需從其他方面排查細胞狀態不好的原因，如培養基成分、培養條件、細胞特性或外部操作因素等。